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            單細胞ATAC測序分析服務
            單細胞ATAC測序分析服務
            • 單細胞ATAC測序分析服務

            單細胞ATAC測序分析服務

            產品報價:詢價

            更新時間:2020/7/3 18:00:46

            地:廣東

            牌:廣州競遠

            號:Y-L3

            廠商性質: 服務型,

            公司名稱: 廣州競遠生物科技有限公司

            產品關鍵詞: Single Cell ATAC-seq   單細胞ATAC測序分析服務   高通量測序  

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            Single Cell ATAC-seq
            單細胞ATAC測序分析服務ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing)是基于高通量測序的染色質開放性研究,染色質開放區域是染色質中呈松散狀態、可發生DNA復制和基因轉錄的區域,ATAC-seq(單細胞ATAC測序分析服務)使用改造 Tn5轉座酶,捕獲染色質開放區,將測序接頭引入開放染色質的兩端,用于表觀遺傳、基因調控研究。ATAC-seq (單細胞ATAC測序分析服務)與其他染色質開放性檢測技術相比,具有操作簡單、省時省力、無需抗體富集、樣本起始量低等顯著優勢。
            圖1 ATAC-seq技術原理[1]

            單細胞測序技術優勢
            單細胞測序技術作為微量細胞、稀少樣本、細胞異質性的完美解決方法,自技術推出以來,已廣泛應用于腫瘤、免疫、發育、神經、微生物等研究領域。細胞異型性是細胞之間的重要差異,僅使用組織樣本進行二代測序,會掩蓋樣本的真實結果,無法進行細胞層面的研究。如下圖所示,進行組織層面的測序,三個樣本之間并無差異,但其實樣本中存在不同表達狀態的細胞,只有使用單細胞測序,才能揭示樣本的真實情況,精準研究細胞異質性。

            圖2 細胞異質性

            單細胞ATAC技術原理
            擁有75萬種不同的barcode凝膠珠(barcoded gel beads),基于其核心的微流控技術形成油滴包裹的GEM(Gel Beads-in-emulsion),每個GEM中只包含一個核和一個特定序列的barcode凝膠珠,一個特定barcode序列標記一個細胞核的所有序列,因此可通過barcode序列追溯細胞來源。
            實驗流程
            轉座酶處理:使用改造Tn5轉座酶,捕獲染色質開放區,將測序接頭引入染色質開放區的兩端。
            細胞核標記:將Tn5轉座酶處理后的樣本加入10x芯片,利用barcode標記細胞來源,形成油滴包裹的GEM。
            文庫構建:基于Tn5轉座酶引入的測序接頭構建文庫。


             圖3單細胞ATAC技術原理 

            單細胞ATAC優勢
            低成本:每個細胞成本遠遠低于傳統單細胞測序、組織測序;
            短周期:1h即可完成Tn5轉座酶對染色質開放區域的切割;
            高通量:7min即可完成1,000-80,000個細胞核的標記;
            大數據:可獲得多至萬個細胞的數據,不依賴于抗體捕獲,全面性研究染色質開放區域;
            專業軟件:配套官方可視化軟件。

            應用方向


            研究領域應用范圍廣——干細胞、發育分化、腫瘤、免疫、神經系統等。

            分析內容
            基于染色質開放區域和轉錄因子motif富集進行細胞的分群和鑒定;
            分析轉錄起始位點和調控區域;
            比較不同細胞的染色質開放程度差異。

            圖4 單細胞ATAC部分分析內容展示
            參考文獻:
             [1] Buenrostro Jason D,Giresi Paul G,Zaba Lisa C et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position[J]. Nat.Methods, 2013, 10: 1213-8.


            廣州競遠生物科技有限公司

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